Der Gesamtverein wurde am 1. Juli 1904 als „Turn- und Spielverein der Farbenfabriken vorm. Friedr. Bayer & Co. in Leverkusen“ gegründet. Die Fußballriege entstand zum 1. Juni 1907 und blieb zunächst eine Abteilung des kurz TuS 04 genannten Werksvereins.
Historische Vereinsnamen von Bayer Leverkusen
- 1904–1922Offizieller NameTurn- und Spielverein der Farbenfabriken vorm. Friedr. Bayer & Co. in LeverkusenAnzeigename: TuS 04 Leverkusen
- 1923–1927Offizieller NameFußballverein 04 LeverkusenAnzeigename: FV 04 Leverkusen
Im Zuge der von der Deutschen Turnerschaft verlangten „reinlichen Scheidung“ trennte sich die Fußballriege 1923 vom TuS 04. Der neu gegründete FV 04 Leverkusen spielte in Schwarz und Rot.
- 1928–1934Offizieller NameSportvereinigung Wiesdorf-Leverkusen 04Anzeigename: SpVgg Wiesdorf-Leverkusen
Am 8. Januar 1928 schlossen sich die Fußballer mit Boxern, Feldhandballern, Leichtathleten und Faustballern zur Sportvereinigung Wiesdorf-Leverkusen 04 zusammen. Neben dem TuS 04 entstand damit ein zweiter Leverkusener Großverein.
- 1935–1937Offizieller NameSportvereinigung Bayer Leverkusen 04Anzeigename: SV Bayer Leverkusen 04
Ende 1935 erhielt die Sportvereinigung die Erlaubnis, den Werksnamen Bayer zu führen. Im Mai 1936 lief die Mannschaft bei den Aufstiegsspielen erstmals mit dem Bayer-Kreuz auf der Brust auf.
- 1938–1941Offizieller NameBetriebssportgemeinschaft der I.G. Farbenindustrie A.G. Leverkusen 1904Anzeigename: BSG I.G. Farben Leverkusen
Am 14. Dezember 1938 wurde die Sportvereinigung im Zuge der nationalsozialistischen Neuordnung der Vereine in eine Betriebssportgemeinschaft umgewandelt. Die im April 1940 kurzzeitig gebildete Kriegssportgemeinschaft mit TuS 04 betraf laut Vereinschronik Handball und Leichtathletik, nicht die Fußball-Namenslinie.
- 1942–1947Offizieller NameSportvereinigung Bayer Leverkusen 04Anzeigename: SV Bayer Leverkusen 04
Am 12. August 1942 kehrte die Betriebssportgemeinschaft noch während des Krieges zum Namen Sportvereinigung Bayer Leverkusen 04 zurück. Unter diesem Namen nahm die Fußballmannschaft im November 1945 an den ersten Nachkriegsmeisterschaften im Kölner Raum teil.
- 1948–1983Offizieller NameSportvereinigung Bayer 04 LeverkusenAnzeigename: Bayer Leverkusen
Seit Dezember 1948 lautete der Name Sportvereinigung Bayer 04 Leverkusen. Die Kurzform „Bayer 04“ war bereits ab 1947 in den Vereinsmitteilungen und in der einheitlichen Außendarstellung etabliert worden.
- 1984–1998Offizieller NameTurn- und Sportverein Bayer 04 Leverkusen e. V.Anzeigename: Bayer Leverkusen
Am 1. Juli 1984 vereinigten sich der SV Bayer 04 Leverkusen und der TuS Bayer 04 Leverkusen wieder zu einem Gesamtverein. Die Fußballabteilung gehörte fortan zum TSV Bayer 04 Leverkusen.
- seit 1999Offizieller NameBayer 04 Leverkusen Fußball GmbHAnzeigename: Bayer Leverkusen
Am 1. April 1999 wurde die Profi-Fußballabteilung aus dem TSV Bayer 04 Leverkusen ausgegliedert und die Bayer 04 Leverkusen Fußball GmbH gegründet. In der FODB wird der Verein in der kurzen Anzeigeform als Bayer Leverkusen geführt.